3D Realms antwortete auf die Klageschrift von Take-Two, die dem Entwickler vorwirft, Duke Nukem Forever nicht beendet und somit Vertragsbruch begangen zu haben.
Die Antwort: "Wir arbeiten weiter an Duke Nukem Forever." Doch das ist nicht alles. Wie nun bekannt wurde, ist außerdem ein anderes Duke-Spiel in Entwicklung - bei einem "sehr bekannten Videospielhersteller". Das bisher unangekündigte Spiel heißt Duke Begins und war Teil der Abmachung zwischen Take-Two und 3D Realms, die im Oktober 2007 unterzeichnet wurde. Dieser Vertrag sah unter anderem eine finanzielle Spritze in Höhe von 2,5 Mio. US-Dollar für 3D Realms vor. Duke Begins sollte in der Mitte des kommenden Jahres veröffentlicht werden. Die Entwicklung begann im Dezember 2007. Die Entwicklung wurde im April 2009 gestoppt.
3D Realms sagt weiter, dass Take-Two Duke Begins absichtlich verschoben habe. Und zwar um 12 Monate. Das habe sowohl die Firma als auch der Duke-Franchise geschadet. Laut 3D Realms habe Take-Two diesen Schritt absichtlich unternommen, um dem Entwickler die Möglichkeit zu nehmen, aus derlei erwirtschafteten Einnahmen Lizenzgebühren und Schulden zu bezahlen. Da 3D Realms erst nach der Verkündung dieses Schrittes von der Verzögerung erfuhr, wirft man Take-Two nun den Bruch des Vertrages aus 2007 vor. 3D Realms verklagt Take-Two somit auf 75.000 US-Dollar.
Anfang Mai 2009 musste 3D Realms zahlreiche Mitarbeiter aufgrund von Zahlungsunfähigkeit entlassen und stellte die Arbeit an Duke Nukem Forever vorübergehend ein.